道危机，法兰西却陷入新教和旧教剧烈对抗。
    因为长子遇刺，亨利二世更加凶狠的压迫新教势力，恨不得把他们统统关起来或烧或吊。可是新教徒不肯束手就擒，他们除了奔逃反抗，还时不时继续“神圣暗杀”。偏偏兵力的虚弱，导致亨利二世常常扑灭一处，又发现另一处新开始冒烟。
    尽管还没爆发大规模混乱，但也够法国国王忙的了。
    其实，这个时期新教徒的数目，恐怕连法兰西人口十分之一还不到。如此负隅顽抗，而不选择逃亡，多半因为，身后还有其他势力撑腰。
    玛丽渐渐看清现实——史上法国的宗教战争会持续多年，除了经济原因，封建贵族割据、地方自治势力和中央的冲突，也起到了很大作用。
    亨利二世，一个如此强势的君主尚无法掌控全局；若换了他年轻的儿子，更难消灭封建残余，实现集权统治。
    信仰，则是分裂的极佳借口。
    所以，真实历史中，最后结束战争的，是赐予胡格诺派平等权利的“南特赦令”，是拥有旺多姆公爵领的与纳瓦拉王国的地方大贵族、待瓦卢瓦男嗣断绝后上位的宗室成员、改信天主教的昔日新教徒，亨利·德·波旁。
    玛丽为此，没少写信给弗朗索瓦，提出自己的看法。
    法国王储刚养好伤，就随着父亲四处灭火去了。他相信，宗教妥协才是历史潮流。他怀着一颗宽恕之心，紧跟亨利二世身边，乃是希望，在国王和新教徒之间担任缓冲。
    这个任务颇为艰难，却是他和妻子难得的共同意愿。所以，他不辞辛苦，坚持己见，在法兰西各地奔波着。
    这位苏格兰国王，在回信中，为短期未能和妻子团聚表达了深深的遗憾。他劝妻子不必赶回动乱中的法兰西，自己却须得坚守这个他生长的国度。
    而且，他正为他的努力感到自豪——因为王太子和洛比塔尔大法官联合诸位重臣，极力劝说，法兰西终究还是和宗教裁判所擦肩而过。
    “我已亲眼见到，压制越深，反抗也就会越剧烈；尤其是，对方已成为秉持最狂热信念的群体时。”弗朗索瓦在信中道。“如你所言，‘胡言乱语就像一包炸（；）药，唯有引爆在在狭小、密封的容器里，才会酿成大祸’【注一】。”
    玛丽知道，按亨利二世的思路，法国的宗教战争，只能以恢复天主教绝对统治而告终——哪怕他亦喜欢世俗国家；他的性格，他的认知，也决定了他不容忍新教徒们屡屡违逆他。这种非黑即白、绝不和解、强行排异的举措，倘若如邻居西班牙那般，最终，只会造成国力衰败倒退。
    法兰西勉强也算她的半个祖国，如果可能，玛丽还是希望，结果不要那么惨烈。
    但年轻的弗朗索瓦，显然并不能左右局势。就在1562年2月底，法国小城瓦西，发生了一件骇人听闻的惨案。
    惨案的主角，是忠实旧教信徒吉斯公爵。
    亨利二世全国镇压新教徒的时候，他除了抢着干活，就是协同弟弟洛林红衣主教，一起跟德意志诸侯搞外交：希望他们保持中立，别帮法国的胡格诺派搅事。他俩刚赢得了路德宗信徒之一·符腾堡公爵的保证，满心喜孜孜，正准备回巴黎；偏偏他们途径瓦西，无意间闹出一件大事。
    吉斯公爵和扈从，原本只计划停歇此地片刻。瓦西虽是吉斯家族的世袭领地，但名义上，已充作了太子妃玛丽的嫁妆。帮忙代管的舅舅们，整日勤于国家军政，难免忽略此处。直至“脚踏实地”，他们才察觉，这里已垒起了新教徒的巢穴。
    新教徒们聚集在城外某谷仓——那儿已经建得很像个新教教堂。吉斯公爵遣去勘察的侍从，发现了一个胡格诺派牧师，正带着信徒们齐声高唱着新教的“圣歌”。
    “什么？那些家伙，本该附庸于领主的！”洛林红衣主教愤怒至极。
    “他们胆敢在我跟前、如此违抗严禁新教传道的律条，着实可恶！”吉斯公爵大吼。
    在主子的授意下，公爵的属下们冲进谷仓，意图教训下那群不驯服的子民，好让他们回归正途。被打断仪式的新教徒，自然愤而反抗。但他们手无寸铁，只能随手捡几块石头，朝进攻者们胡乱扔去。
    吉斯公爵刚刚接近现场，就恰好被石块击中了颜面，登时鲜血直流。一心护主的侍从，愈发怒气冲天，持剑大砍大杀起来。吉斯公爵尽管一开始无意，但他不曾阻止手下施暴……
    谷仓里的一通屠戮，最终收割了八十余条人命——有男有女，有老有幼，按照现行律条，他们原本罪不至死。
    得到消息的极端天主教徒们，弹冠相庆，欢欣鼓舞。而全法兰西的新教徒，则为此悲伤恚怒。
    “他们骂他希律王【注二】，并请求陛下审判凶手。”弗朗索瓦的信函里充满担忧。“但是陛下毫不犹豫的拒绝，还声称，该给捣乱分子予以警告。我觉得这样并不妥。逝者已去，总该试着安抚生者……宫廷里的分裂在加剧，蒙莫朗西和旺多姆公爵联合指责他们的同僚，却也拿不出什么好办法……”