在袁世凯的秘密暗示下，冯国璋被北洋悍将在京城发动兵变，清廷统治摇摇欲坠，皇室中人吓得六神无主。2月12日，在袁世凯等人的逼迫下，清廷隆裕太后代宣统皇帝颁布了退位诏书，清王朝宣告灭亡，中国两千多年的君主专制制度也随之结束。
    在宣统皇帝宣布退位之后，袁世凯和孙文就南北和谈最终问题用电报进行了长时间的商谈，孙文表示只要袁世凯拥护共和，使清帝退位，自己愿拥他为总统。至于都城问题，孙文认为南京和北京都是可以的，但他内心更倾向于南京。袁世凯逼清帝退位后，孙文便按照约定提出辞职，请袁世凯来代替，不过孙文向袁世凯提出了三个条件，其中的两个条件与定都南京有关：一是临时政府地点设于南京，二是新总统在南京就职，想把袁世凯置于南方革命派的监督和控制之下。除此之外，日本方面当时对文的影响也是一个不容回避的问题。辛亥革命之际，对中国南、北政权均有特别影响的日本朝野，则多主张中国的政治中心放在南京。日本方面的出发点很清楚，它是想借中国政治中心南移的机会，削弱中国在北方的防御，便利其对满蒙的侵略扩张。
    在参议院(以同盟会员为主)讨论此问题时，主张建都北京的占20人，主张建都南京的只有8人，只是在孙中山和黄兴等人的一再坚持下，参议院复议时才确定了南京。
    然而从袁世凯这方面来说，他是根本不愿离开自己势力强大的北方而到南方受制于革命派。而北洋集团的将领们也不愿将中国的政治中心南移。
    从客观上来说，萧震雷认为定都北平要比南京要好，在政治上，定都北平是各省大多数代表们的意愿；另外，在日本帝国主义处心积虑地想吞并东北的情况下，维持北平政治中心的地位，有利于制约日本和俄国，并抑制了复辟势力，使其最终没有形成气候。从军事角度上来说，南京不利于防守，而且紧靠长江，帝国主义的军舰可以对南京直接构成威胁。
    不过萧震雷对定都的问题没有发表任何意见，他不想被革命党人孤立，此时也不能和同盟会这边闹翻。
    就在同盟会这边就定都的问题与袁世凯打嘴仗的时候，萧震雷正在着手对各省驻留在南京城外的军队进行遣返工作，为了防止袁世凯翻脸不认人，萧震雷认为还是要继续保持足够的军队为好，他决定将各省在南京的军队大部分遣返，另外留下一些精锐编成一个师。
    可这个时候偏偏发生了一件震惊中外的大事。2月19日，荷属爪哇岛泗水市华侨，纷纷走上街头，举行集会，升起五色旗，鸣放爆竹，庆祝中华民国的成立。荷兰殖民当局竟派军警武力干涉，开枪打死华侨三人，伤十余人，百余人被捕。愤怒的华侨采取闭门罢市的行动以示抗议，荷兰殖民当局进而出动大批军警强迫开市，又逮捕千余人，酿成轰动一时的“泗水事件”。
    萧震雷收到消息之后异常愤怒，立即以临时政府的名义派人与荷兰公使接触，并表示严正抗议，要求荷属殖民当局立即释放被捕的华侨并对死难的华侨进行公开道歉和赔偿，否则保留追究的权力。
    然而荷兰当局并未重视，对萧震雷的警告不理不睬，萧震雷等了几天未见到任何回应，当即恼了，他决定先斩后奏，一面向大总统孙文提出军事干预行动的计划，一方面下令海军舰队南下向澳门港进发，同时下令浙江第一军两个师西进福建向广东进军。
    于此同时，萧震雷代表军方召开新闻发布会，宣布如果荷兰当局不在三天之内给出满意的回应，他将下令军队进攻澳门，逮捕在澳一切荷兰公民。
    新闻发布会的召开引起了巨大的反响，袁世凯那边暂时还没有动静，不过同盟会革命党于2月26日召开了总统府会议，并让萧震雷参加，指着他不该越过临时政府擅自与荷兰公使接触。
    “萧寰宇，你想干什么？外交上的事情是临时政府的事情，不是你们军方该过问的，你擅自越过临时政府外交部与荷兰公使进行接触是越权行为，你这是藐视我们外交部，也是藐视临时政府！”
    萧震雷不屑地瞟了说话那人一眼，轻蔑地冷笑道：“我就是藐视你们、藐视临时政府怎么啦？你能把我怎么样？”
    不少人闻言脸色剧变，那人立即对孙文道：“大总统，你看着萧寰宇嚣张跋扈，完全不把我们这些人放在眼里，不把大总统放在眼里！”
    萧震雷耻笑，“行了，别把大总统牵扯进来，你们不敢跟洋人挺起腰杆说话也就罢了，却在这里数落我的不是，如果说英法俄德美日等过是列强，你们不敢招惹，别人也许不会说什么，可一个小小的荷兰都把你们这群家伙吓成这样，我看你们这个官做与不做都没什么区别，何必浪费百姓们的赋税养你们这些蠹虫呢？海外华侨虽然已不是我中华公民，我们血液里流淌的是同一个祖宗的血脉，同宗同源，大总统就曾经说过，华侨乃革命之母，当我们在为革命募捐的时候，是华侨们拿出自己辛苦赚来的血汗钱支持我们革命，难道你们这些人都忘了吗?现在我们推翻了满清王朝，成立了临时政府，华侨们却因为举行庆祝仪式遭了难，而我们临时政府却不管不问，这算什么？翻脸不认人还是过河拆桥？可悲啊！以后你们再去募捐，我看谁还会搭理你们！”
    在萧震雷的话音落下后，会议室里一片寂静，有的只有香烟的气味弥漫在空气中，所有人都沉默不语，没有人一个人大声的呼吸。会议室里的人都知道，萧震雷说的是对的，不能不管那些泗水华侨们，没有他们的支持，革命没有今天的成就，几个月前，在座的这里有些人就是从那便回来的。
    良久，孙文问道：“寰宇，你，有几分把握？你真的有办法让荷兰人屈服吗？你要知道这可不是儿戏，我们国内尚未平静，如果又招惹外地敌，稍有不慎会让整个国家陷入不利的境地啊！”
    萧震雷见孙文这么问，就知道他已经被说动了，连忙道：“大总统放心，我这是经过深思熟虑的，现在西方列强之间在互相牵制，没有谁能够腾出手来管我们的闲事，荷兰人从前倒的确有些令人害怕，但是现在他们不行了，他们在远东和南亚地区的军事力量有限，如果不是各国力量互相牵制，荷兰人根本保不住荷属东印度，我们以拿下澳门为威胁以及宣布之前所有与荷兰人签订的协约为威胁，不愁荷兰人不低头，他们在荷属东印度虽然还有几条破船，但都是一些老旧船只，如果他们不顾一切将这几艘老旧战船开到远东来，击中我国现在的海军力量完全可以与他们一战，另外我们之前在英国订购的几艘战舰也已经可以交付了，我认为可以命程璧光迅速率舰队返回，如果荷兰人把荷属东印度的舰队倾巢而出对我们，可以命令程璧光从后面袭击荷属东印度港口，捣毁他们的老巢，再配合我们前后夹击它的舰队！如果有其他国家的公使来找大总统对您施加压力，您完全可以把这件事情推给我，就说是我在负责这件事情，让他们来找我好了，对付洋人，这是我最喜欢干的事儿！”
    众人闻言面面相觑，不少人听了萧震雷的话都有些羞愧，孙文经过缜密的考虑，决定萧震雷的建议，立即正式以南京临时政府的名义与荷兰当局交涉。并且在此次会议上议决对荷兰交涉的四项条件:一、限三日内释放被捕华侨；二、赔偿财产损失；三、对被害者给予赔偿；四、恢复人权，华侨与欧侨和日侨一律对待。同时指出“如无满意答复，民国自有相当之对待”。
    临时政府外交部立即就此四项条件通知荷兰外交部，并将对荷交涉的四项条件电告北平当局，可袁世凯依然没有站出来。
    很快在萧震雷的主持下，成立了华侨联合会，成为临时政府联络海外华侨和处理华侨事务的得力助手，进一步密切了华侨与祖国人民间的联系。
    泗水惨案发生之后，华侨们分别致电北京晚清政府、南京民国临时政府和上海华侨联合会，请求保护。泗水华侨遭受不公正对待的消息传至国内，引起国内朝野各界的广泛关注，维护华侨合法权益的呼声响彻华夏大地，在群众的愤怒声援下，南京临时政府采取了积极的护侨行动。
    三天后，荷兰当局并没有回音，在萧震雷的命令下，两个师的部队迅速开往广东，并且海军舰队开始集结向澳门海域进发，谁也没有想到萧震雷这么做还有另外一个目的，就是将军队开进广东境内，以达到控制广东的目的。