卢俊义等燕青、皇甫端来到以后，就宣布开始整顿梁山义军。
首先是查出跟王伦和柴进有关联的原梁山义军中的头目喽啰。前几天卢俊义没有排查，是自己的力量还不足以弹压，现在四五千军队上山了，自然要开始进行肃反清算活动。燕青率领所有的弓弩手占领高处，强弓硬弩对准原梁山的八百二十人，以防出现暗中作祟之徒。
卢俊义喝令让每人报出自己的姓名籍贯和怎么来梁山的，同时喝道：“如有人举报出王伦的同党和从河北沧州过来的人，举报人可获十两银子，即刻获准加入我方军队，享有一月一两银子的军饷。”王伦的亲信喽啰们平素仗着王伦的宠信，肆意地欺压其他喽啰，这次尝到了报复，很快地，王伦的四十八个亲信喽啰尽数落网，全是王伦在寿张镇的老乡亲戚，跟着这个落第秀才在这里瞎混。
从河北沧州过来的人，应该就是柴进派来监视王伦控制山寨的，他们隐匿在群众中，本以为不会发现。但群众的眼睛是雪亮的，原来这些沧州的人自以为得到金主柴进的支持，面对王伦这个傀儡寨主有诸多不敬之处，让其他的喽啰都暗自看在眼里，记在心里。到了今天，面对利益的诱惑，再加上跟那些沧州来的人也没有什么深情厚谊，举报就举报吧。
结果梁山水泊原有的八百二十人里面，查出了二十个人是从沧州来的，包括那个摸着天杜迁和旱地忽律朱贵。当初原来王伦当初不得第之时，与杜迁投奔柴进，被柴进留在庄子上，住了一段时间。临走时，柴进还发给两人盘缠银两。
看来杜迁既可能是王伦的亲信，也是柴进笼络的亲信，于是隔离审查，询问柴进安插进来的其他人和王伦的亲信喽啰，摸着天杜迁究竟在王伦和柴进这边算什么位置。得到的答案出乎意外，杜迁由于性格憨厚本事平庸，并没有被王伦和柴进有太多的器重，之所以在老梁山上有排行，完全凭借的是资历，想当初跟王伦的交情，以后王伦当了寨主，这交情就疏远了，就像当初的两个好兄弟，一个当了皇帝一个做了大臣，原来的友谊一般情况下都发生了剧烈的变化，杜迁和王伦毫不例外。摸着天杜迁可以继续留在军中安定原梁山人马之心。
云里金刚宋万同样也因为性格和能力问题，不可能是王伦和柴进的亲信，唯有旱地忽律朱贵。
朱贵原来投奔小旋风柴进，柴进笼络了他，让他去梁山监视王伦，王伦对朱贵的来历心知肚明，见卢俊义来了，便和朱贵合谋想暗害卢俊义。朱贵善用药物，尤其是蒙汗药。王伦以为会万无一失，谁知朱贵临阵退缩。
卢俊义审问朱贵：“朱贵，你是不是有个兄弟在沂水县，叫做朱富，人送外号笑面虎？”
朱贵大惊失色道：“朱富确实是我的弟弟，主公您怎么知道？”
卢俊义哈哈大笑道：“你的所作所为家中情况我都尽知，你说说为什么当初你临阵退缩，没有加害于我？基于什么考虑？”
朱贵磕头如捣蒜道：“主公恕罪，一开始我就知道主公留意到我了，所以一路上我也没有下手的机会，后来我隐约感到主公的实力和前途都比王伦和柴进大，跟他们不如跟你，所以我就不想跟他们一起死，我想弃暗投明。”
卢俊义又笑道：“既然如此，恕你无罪。我已经派人去接你兄长过来，你呢，我有很好的位置适合你，稍后听我的安排吧。”朱贵点头称是。
卢俊义宣布朱贵临阵反水弃暗投明，功过相抵，不予追究，编入石秀掌管的军情部继续在山边酒店做情报工作。其余六十九人，全部押往后山做苦力，修筑工事。
等清除了梁山义军中的隐患后，卢俊义就跟许贯忠、燕青、朱武、林冲、王进等义军高层商议了梁山义军的内部编制问题。
首先吸取宋朝军事制度的失败教训，改良以往死板坚硬弊大于利的监军制度，将监军的名称统一改成政治委员。鉴于卢俊义手下目前智谋之士甚缺，暂定各级的政委除了登记功劳上报、负责宣传、解决将士的思想心理问题之外，还要负责联络军情部搜集情报、分析情报、参赞军机、给各级将领出谋划策之责，但必须不得掣肘，如有争议，速报总部解决。
从最基层的编制就开始设置政治委员，就要开始讲政治鼓动和宣传。宣扬的内容有下列核心：忠诚卢俊义、热爱宋土、报效民族、驱除蛮夷、崇尚荣誉。
目前梁山义军划分的职能部门，按照战争时期的安排，共分作统帅部、政治部、后勤部、装备部、军情部、建设部等六部。
统帅部和政治部由玉麒麟卢俊义亲自掌管，直接领导各级将领和各级政委，其中统帅部由浪子燕青做副手，政治部由许贯忠做副手，当卢俊义不在时，他两人可代为发号施令。
统帅部拥有对军事以及其他所有事务的最高决策权，内部设有军机处（也就是参谋处，顺便嘲笑一下满清的军机处），由天机先生许贯忠、神机先生朱武、入云龙公孙胜负责参赞军机，有负责制定战略、战役计划、战术指导的义务；同时设有军功处，由神机军师朱武掌管，负责功过赏罚，将将士们的职位、军衔和军功的挂钩；还设有书记处，有圣手书生萧让、玉臂匠金大坚负责卢俊义和参谋处的命令、语录等文件的记录和下发；
铁面孔目裴宣还没有到来，梁山的刑部暂时还开不起来，这一部分的职权暂时隶属于政治部下面的军纪处。军纪很简单，约法十章：不杀良、不***不畏敌、不私吞、不抗命，以上五条违者斩；不扰民、不造谣、不懒惰、不私斗、不包庇，违者五十军棍。不杀良的意思是不要杀害无辜百姓，但为了隐藏军队的行踪而被迫杀害一个路人，不算杀良，但明明白白人家对你毫无危险，你还杀，那就恶劣了。这一点放在第一位，是因为卢俊义看了水浒传，真的觉得梁山好汉没几个好鸟，连同武松，也是杀害无辜百姓，更别说李逵这个混蛋了，一排排地杀过去，净是无辜，卢俊义决心好好地遏制这股败坏名声的杀气。卢俊义先让燕青负责这一部分，是想让他先在义军中培养好威信，以后许多事情都可以交给他这个副手处理。
原来的廉政公署分成两块，一块由三叔卢有财监督他儿子卢俊信（卢俊义没有怀疑过这个设置，因为卢有财跟他两个儿子卢俊信、卢俊礼不合是众所周知的，原因很简单，老头很封建，婚姻包办，看不惯卢俊信等人的生意创新）。另外一块则由周侗老爷子带领，挂靠在统帅部内，直接向卢俊义负责，拥有对腐败贪污情况先调查抓捕后提交卢俊义审讯的权力。当然他们的重点放在各级将领有没有克扣军饷和后勤部的军需官有没有克扣物资。
政治部下面设有政治指导处，由许贯忠执掌，负责对整个政委体系的指导管理，卢俊义还随时对这个体系进行考核和培训，用现代军队的方法；另外设有宣传处，由燕青兼任处长，下面设有对内、对民、对敌三个司，目前梁山处于闷声发大财的阶段，等水混了才愿意下去摸鱼，所以对民和对敌两个局现在还不能启动，对内宣传司现有铁笛仙马麟负责。马麟经卢俊义的传授，将三国演义和西游记当做评书来说，间或吹吹笛子，再讲些历朝历代兴旺之事，娓娓道来赵宋朝廷得来江山的卑鄙无耻低级下流的伎俩，道出以往各个开国皇帝的不凡和卢俊义的诸多不凡之处，坚定各位追随卢俊义的争霸大业从而飞黄腾达之梦想。当然剧本都是卢俊义亲自撰写的，他知道这种花边评书对一般士兵民众的影响力远大于白纸黑字的公文。
后勤部由燕青负责，神算子蒋敬做他的副手，负责军队的后勤保障，包括采购、供应、运输等诸多环节，还要负责粮饷的发放和对军需官的管理，还有日后梁山屯田、养殖。
军情部由拼命三郎石秀掌管，分别有鼓上蚤时迁、活闪婆王定六、旱地忽律朱贵做为他的副手，下辖情报处和行动处，分别有时迁和石秀负责；负责情报搜集、安插奸细、排查敌方奸细、护送我方亲人、暗杀敌方将领和我方叛逃者等诸多工作。
装备部由卢俊义的亲堂弟卢俊智掌管，金钱豹子汤隆、玉幡竿孟康、紫髯伯皇甫端、通臂猿侯健做为副手，负责打造兵器盔甲火药船只、蓄养马匹、开采矿产等诸多事宜，全力提供战斗物资。建设部由青眼虎李云掌管，九尾龟陶宗旺做他的副手，负责修造工事、修建军营房屋、填湖造地、挖地洞石洞，造兵器作坊，目前最重要的事情就是早日把梁山打造成一个宜居易守难攻的坚固堡垒。其他之前投奔大名府的梁山旧人里，石将军石勇被卢俊义派到东平府开设赌场，兼搜集那里的情报，隶属于军情部。白花蛇杨春被派去李俊的海军中开始进行奴隶贸易，将劫掠的高丽东瀛人贩卖到中土。(未完待续，如欲知后事如何，请登陆lt;a href=<a href="<a href="
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